Con l'introduzione del Modello AVA 3, il Sistema di AQ ha esteso il monitoraggio anche ai Corsi di Dottorato di Ricerca, che costituiscono il livello di formazione più elevato nell'ordinamento accademico italiano.
Nel rispetto delle specificità dei singoli corsi e dei singoli percorsi di ricerca, l'Università di Foggia costruisce e organizza i propri Corsi di Dottorato di Ricerca sulla base dei principi di Assicurazione della Qualità e secondo il ciclo virtuoso di progettazione – attuazione – monitoraggio - riesame e azioni di miglioramento (ciclo di Deming).