L’Università degli Studi di Foggia nasce ufficialmente con il Decreto Ministeriale del 5 agosto del 1999 quando l’Ateneo daunio diviene indipendente dopo un periodo di gemmazione dall’Università di Bari. Le origini dell’istituzione però, affondano le proprie radici nella storia culturale del Mezzogiorno italiano. Le prime Accademie in terra di Capitanata si attestano, infatti, nel ‘600. Con l’affermazione dalle Accademie dei “Volubili”, dei “Fantastici” e degli “Invogliati” prima e, in seguito, con l’istituzione del Tribunale della Regia Dogana e del Real Collegio, con le annesse cattedre di Diritto, Medicina e Agricoltura, la città di Foggia si trasforma in un vivace centro culturale.
Nel corso dell’Ottocento un notevole fervore scientifico si formò attorno alle cattedre che l’Università di Napoli – al tempo istituzione quasi monopolistica nel mezzogiorno nel rilasciare il titolo di laurea – aveva decentrato a Foggia nel 1859.
Paradossalmente, però, proprio al 1859 risaliva la condanna alla chiusura della neonata università foggiana giacché la Legge Casati, promulgata il 13 novembre nel Regno di Sardegna ed estesa a tutta l’Italia, prevedeva una struttura fortemente accentrata dell’intero sistema dell’istruzione e la conseguente chiusura di molte cattedre decentrate o collegate al clero.
Fallito nel 1894 il progetto del Ministro dell’Educazione Guido Baccelli, che aveva aperto le porte all’istituzione di una università in Puglia, nel 1918 Benedetto Biagi riusciva ad organizzare a Foggia una serie di attività culturali che sarebbero sfociate nella Università popolare. A causa degli eventi bellici il progetto non trovò realizzazione immediata e si dovette attendere il 1919 per la nascita dell’Università Popolare di Foggia che restò confinata, comunque, nel pur prezioso compito di divulgazione del sapere.
Soltanto negli anni ’60 del Novecento l’istituzione dell’Università a Foggia cominciò a diventare una realtà a partire dal Piano economico di Puglia per il quinquennio 1966-1970. Prima ancora della Delibera del 23 luglio 1974, con cui il Consiglio della Regione Puglia ufficializzava la richiesta dell’Università a Foggia, i Consigli Provinciale e Comunale approvarono lo statuto del Consorzio Universitario che, nelle intenzioni dell’Ordine dei Medici, avrebbe dovuto seguire la nascita a Foggia di una sede distaccata della Facoltà di Medicina.
Con il richiamo ad una mobilitazione generale, nel 1977 l’Associazione degli industriali di Capitanata invitava la Regione ed il Ministero a prendere tutte le iniziative di loro competenza per favorire la nascita dell’università foggiana. Le risposte non tardarono ad arrivare: il D.P.R. 382/80, anzitutto, annunziava il piano biennale di istituzione di nuove università e la Legge 590/82, contemplava nel piano di sviluppo delle università “una migliore articolazione territoriale […] nelle Regioni Piemonte, Campania, Emilia Romagna e Puglia”: l’Università di Foggia sembrava cosa fatta.
La fine anticipata della legislatura impedì la realizzazione degli obiettivi della legge 590/82, anche se, nel frattempo, una nuova spinta alla nascita dell’università di Foggia provenne, nel 1984, dall’aggiornamento dello statuto del Consorzio per l’Università di Foggia, allo scopo di favorire l’istituzione del terzo centro universitario pugliese.
Nel 1986 veniva aperto uno sportello di segreteria e nel 1988 gli studenti foggiani iscritti alla Facoltà di Economia e Commercio dell’ateneo barese poterono seguire la prima lezione seminariale “in casa”. Nel maggio del 1989 veniva pubblicato il decreto con cui la Presidenza del Consiglio dei Ministri autorizzava la nascita delle sedi distaccate foggiane delle Facoltà baresi di Agraria, Economia e Commercio e Giurisprudenza.
Il 15 novembre del 1990 si tenne la prima lezione all’Università di Foggia e il 12 gennaio 1991 si svolse l’inaugurazione dell’anno accademico dell’Università di Bari nella sede decentrata di Foggia, con l’intervento dell’allora Ministro per l’Università, Antonio Ruberti.
Nell’anno accademico 1993/94 si inaugurava il Corso di Laurea in Medicina e chirurgia e, il 15 ottobre 1994, con la Laurea honoris causa in Economia e commercio ad Antonio Fazio, Governatore della Banca d’Italia, si avviava la stagione delle lauree nella sede foggiana.
Si giunge, così, al compimento della nascita dell’Università di Foggia: in seguito alla Legge 662/96, l’Università di Bari fu inserita nell’elenco dei cosiddetti mega-atenei sovraffollati e, pertanto, da sottoporre alle procedure di “decongestionamento”. Veniva delegato al processo di decongestionamento per la sede di Foggia Antonio Muscio che sarebbe poi divenuto il primo Rettore nella storia dell’Ateneo daunio.
L’Università degli Studi di Foggia nasce ufficialmente con il Decreto Ministeriale del 5 agosto del 1999. Alle Facoltà di Agraria, Economia, Giurisprudenza, Lettere e Medicina, si aggiunge, nel 2008, la Facoltà di Scienze della formazione.
In seguito alla legge sul riordino del sistema universitario, il nuovo statuto di Ateneo, entrato in vigore il 15 giugno 2012, ha sancito la sostituzione delle sei Facoltà con i Dipartimenti.
Attualmente l'Università ha otto Dipartimenti: Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimenti, Risorse Naturali e Ingegneria; Dipartimento di Economia; Dipartimento di Economia, Management e Territorio; Dipartimento di Giurisprudenza; Dipartimento di Studi Umanistici. Lettere, Beni Culturali, Scienze della Formazione; Dipartimento di Scienze Mediche e Chirurgiche; Dipartimento di Medicina Clinica e Sperimentale; Dipartimento di Scienze Sociali.