L'Università di Foggia opera nelle attività di Terza Missione per la tutela della salute pubblica attraverso la ricerca clinica e le collaborazioni scientifico-didattiche con le strutture ospedaliere con cui è in convenzione.

L’attività di ricerca clinica svolta in Ateneo può puntare a ottenere un prodotto commercializzabile quando è finanziata da aziende private ma la ricerca clinica no profit, a rappresentare il contributo più diretto dell’Ateneo alla salute pubblica. Dettata dal solo interesse clinico per il miglioramento del benessere dei pazienti e della loro aspettativa di vita, questa è spesso l'unica attività di ricerca a occuparsi di malattie rare, pediatriche o neglette, notoriamente poco remunerative.

La ricerca in Ateneo avviene anche con il coinvolgimento del paziente come parte attiva e partecipante (empowerment) nei processi decisionali che riguardano le sperimentazioni cliniche (trial), gli studi sui dispositivi medici, quelli non interventistici e altre attività cliniche altrettanto importanti.

Nelle attività di tutela per la salute pubblica rientrano anche le strutture che supportano la ricerca clinica, come le biobanche – centri di raccolta di campioni biologici umani e di dati a essi collegati, organizzati a fini di ricerca e diagnosi – che devono garantire i diritti di tutti i soggetti coinvolti rispondendo a determinati standard, qualitativi, etici, legali e sociali.