Al direttore generale è attribuita, sulla base degli indirizzi forniti dal consiglio di amministrazione, la complessiva gestione e organizzazione dei servizi, delle risorse strumentali e del personale tecnico-amministrativo dell’ateneo. Il direttore generale svolge, inoltre, i compiti, in quanto compatibili, di cui all’articolo 16 del decreto legislativo 30 marzo 2001, n. 165.
Il Direttore generale dell'Università degli Studi di Foggia è la dott.ssa Teresa Romei.